В 9784 году по летоисчислению Содружества ницшеанцы восстали против Содружества Систем, стремясь освободиться от контроля и установить собственный порядок. Это событие стало началом войны, способной изменить судьбу всего мира. Чтобы предотвратить победу врага, на встречу ницшеанскому флоту был отправлен крейсер Звёздной Гвардии «Созвездие Андромеды» под командованием капитана Дилана Ханта. Однако мощнейшее судно, когда-либо созданное человечеством, попало в ловушку ницшеанцев. Не имея шансов на спасение, капитан отдал приказ экипажу эвакуироваться. Само «Созвездие Андромеды» вместе с капитаном стало жертвой временной аномалии на границе чёрной дыры в системе Гефеста. Вскоре Содружество Систем было повержено, но Ницшеанская Империя так и не возникла. С этого момента вселенная погрузилась в тьму и хаос «Долгой Ночи».
Спустя 303 года, корабль «Эврика Мару» под командованием Беки Валентайн смог освободить когда-то могущественное судно Содружества с орбиты чёрной дыры. Для жителей вселенной прошло 303 года, тогда как для Дилана Ханта это был лишь миг. Объединившись с экипажем «Эврики Мару», капитан Хант приступил к миссии по восстановлению Содружества Систем, осознавая, что этот путь будет долгим и трудным.